上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于认识到自身的能力和使命，中弹重生后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热闹欢党派。　　此时，“母体”顶多先起头为强，派出了两万五千只电子乌贼进攻拼锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次长入“母体”，追求“制钥者”，计算从里面破损；而本该被尼奥袪除的特勤史密斯相符出了点题目，脱离了“母体”的限度，领有焦急的复制能力，阻难尼奥他们的行动。