白莲教徒接下饱读清大臣纳兰元述（甄子丹）所下的对付革命党人的命令后，在广州街头借“扶清灭洋”的标语大肆捣乱洋人的使馆、教堂等地盘，甚至连小学生也不阁阁过，他们的手脚令黄飞鸿（李连杰）、十三姨（关之琳）与梁宽（莫少聪）相当气冯恺章。　　在某个医学聚会上，黄飞鸿与革命党领袖孙文（张铁林）一见如故，透露革命党人对救国更具远见时，他顶多赞助革命党人逃过灾祸。随后，他直捣白莲教总坛决胜九宫真人，揭户口迷信假像，又因奋慨国运衰竭民智末户口，鄙弃与纳兰元述决一死战。