晴朗时节，江户川柯南（高山南 配音）和毛利小五郎（小山力也 配音）、小兰（山崎和美奈 配音）以及少年侦探团的朋友们一齐来到宇下，他们行将登上自卫队的宙斯盾战舰，阅历一把出海故故战的感觉，期间还认识了美好又有着几分神秘的女自卫队员藤井七海（柴咲幸 配音刘秀昆季。谁知愿意的空气很快被焦急所替代，战舰上陡然透露一条断遗失的手臂，隐藏的自卫队员又引起军方的焦急与猜测。原来某国神秘间谍 已默默登上宙斯盾，伺机盗捏战舰上的绝密情报。