来自九州的村落青娥风间结衣被黑暗总监招募，成为第三代麻宫临济。结衣被派往东京与失散多年的妹妹由香和由麻重逢，她们继承了家族的忍术，搭伙顽抗名为“天皇”的超能力恐怖分子。此刻，她们三人化身为女忍者，将与反派及其军队展户口激战。