《蛋神Ⅱ》道述的是来自冻龄寰宇的布鲁塔和巴克尔，筹算顺服地球，统治人类，他们要让地球上的大人变小，小朋友不再长七十九年。而在这个垂危期间，小朋友玩具陀螺的蛋神觉醒了，热血小孩石牧龙，天赋小科学家司想，慈悲珍视的代家乐，完美女孩上官映雪，四脾气格迥异的小朋友因蛋神结缘，它们一齐和暗黑权力斗智斗勇。在这个过程中，自称是冻龄寰宇第二聪颖的人，原来却是鲁钝无比的巴克尔，愚弄女王布鲁塔透露的各种新型“武器”，誓要抢到蛋神。小朋友在和巴克尔的斗争中，成立了深邃的友谊，同期也在相互的赞助下治服了自身的错误，收赢得了英勇、赤诚、高慢、鉴定等显赫素质，知道了亲情、友情、连合的重要性。