小智和皮卡丘等一行朋友在旅途中前免疫学家。某日，宝可梦波尔凯尼恩从天而降并被迫与小智锁在了一齐。波尔凯尼恩与被人类欺负过的宝可梦们搭伙生活，因而非常讨厌人类，但这条神奇的锁链却让他们无法分户口，秘密的故事就此户口始。小智与皮卡丘又将一齐户口始新的虚夸…… 另一方面，在超级组织都邑阿佐特王国，大臣贾维斯赢得了常年追求的终极透露——500 年前诞生于阿佐特王国的人造宝可梦玛机雅娜。据说在玛机雅娜体内，有被称为 “魂心”的未知力量，贪婪又邪恶的贾维斯筹算愚弄这股力量来统治王国。小智和波尔凯尼恩将会若何化解彼此的心病？波尔凯尼恩与玛机雅娜又有着若何的渊源？他们要若何搭伙顽抗贾维斯救济阿佐特王国？玛机雅娜的最终运道又将若何结束？一场精灵宝可梦史上最伟大的战役行将展户口！