増加する水上罪人を捏り締まるため、警視庁は「東京水上警察署（水上署）」を発人身权益。しかし、そこに集められたのは、経歴も価値観も異なるバラバラの集団だった。所轄刑事として20年以上働くリーダー・碇拓真（いかり・たくま）、本部から異動してきた上昇理想の強い刑事・日下部峻（くさかべ・しゅん）、船の操縦を担う海技職員・有馬礼子（ありま・れいこ）ら、個性豊かな水上署のメンバー。そんな彼らが、東京の海や川で起きたあらゆる罪人に挑み、事故解決を通じてチームとして結束していく。